Le monastère de la Pierre-qui-Vire a été fondé en 1850 par le Père Jean-Baptiste Muard (1809-1854), prêtre du diocèse de Sens. Désireux de fonder une communauté religieuse, il découvre la Règle de saint Benoît lors d'un voyage à Subiaco (Italie). Saisi par l'équilibre de vie qu'elle propose entre travail et prière, il rentre en France en 1848 avec ses deux premiers compagnons et effectue son noviciat monastique à la Trappe d'Aiguebelle. En 1850, il installe sa communauté naissante dans les forêts du Morvan, au sud du département de l'Yonne, au lieu-dit "La Pierre-qui-Vire". Le Père Muard meurt le 19 juin 1854, à l'âge de 45 ans.
Une vingtaine de frères compose alors la communauté qui connaît une rapide expansion.
Contrainte à l'exil en 1880, puis en 1904, la communauté ne retrouve son monastère qu'en 1921 et ne l'a plus quitté depuis.
La Pierre-qui-Vire a donné naissance à de nombreux monastères tant en France qu'à l'étranger (Etats-Unis, Angleterre, Viêt-Nam, Madagascar, Congo).